Roma, agosto 1559. Paolo IV, il papa che ha emanato il primo Indice dei libri proibiti, esala l'ultimo respiro. Il popolo della Città Eterna insorge, abbandonandosi a devastazioni e profanazioni di una brutalità mai vista prima. Ma fatti ben più gravi e inauditi accadono nelle vie della città nelle stesse ore, eventi che hanno del miracoloso e di cui nessuno deve venire a conoscenza. Il cardinale camerlengo vuole che a condurre le indagini su quegli strani episodi sia Raphael Dardo, un agente segreto del duca Cosimo I de' Medici, che era rinchiuso nelle prigioni di Castel Sant'Angelo per il possesso di una Bibbia giudicata maledetta. Se vuole riacquistare la libertà e avere salva la vita, Raphael dovrà risolvere il caso prima che abbia inizio il conclave che eleggerà il nuovo pontefice. Con l'aiuto di un geniale alchimista, di due bellissime e astute cortigiane, e persino del grande maestro Michelangelo, Raphael inizia una ricerca che lo condurrà sulle tracce di un libro. Il più antico, raro, misterioso e pericoloso che sia mai stato scritto. I pochi che sono a conoscenza della sua esistenza lo chiamano "Il Codice dei miracoli", e devono custodirne i segreti a tutti i costi...